Guaireña Fútbol Club fue fundado en el año 2016 sobre la base de los clubes de la Liga Guaireña de Fútbol cuya selección obtuvo el derecho de competir por primera vez en la División Intermedia (Segunda División) del Fútbol Paraguayo, luego de coronarse campeón del Campeonato Nacional de Interligas (Tercera División) en la temporada 2015/16. Comienza a ser partícipe de la Primera División de Paraguay temporada 2020, tras lograr su ascenso al coronarse campeón del torneo de la División Intermedia 2019.
En diciembre de 2016 el club realizó la presentación oficial de su indumentaria y cuerpo técnico de cara a la próxima temporada y en enero de 2017 inició las actividades de pretemporada.