Historia del club

En  este período de tiempo las actividades de la Liga y todos los campeonatos se vieron afectados debido al confrontamiento bélico entre Paraguay y Bolivia por el dominio del territorio del Chacho Boreal, dejándose de lado todas las actividades pendientes y hasta llegar a la casi disolución de toda la Liga Guaireña de Fútbol.

Tras el cese de la Guerra, se reanudan las actividades en el año 1935.

Una vez reanudadas las actividades de la región Post guerra; la Selección Guaireña, ya en la segunda edición del Campeonato Nacional de Interligas en el año 1937 llegó a instancias finales de dicho campeonato, terminando en el cuarto puesto. Su primer título de campeón lo logró un año después, en la tercera edición del Campeonato Nacional de Interligas en el año 1938.

Más tarde logra nuevamente repetir el título en los años 1950, 1954.

En la ronda final de aquel año llegaron hasta Asunción también 12 selecciones como campeones regionales que fueron. La Liga Guaireña fue vencedora de la Primera Región Deportiva ante Liga Sanjosiana. Avanzó como segundo en la Serie C hasta llegar a las finales ante Encarnacena, ganando con el marcador de Encarnacena 0 (1)
Guaireña 0 (3).

Coronándose como Campeón Nacional de Interligas 1982.

En esta temporada vuelve a quedarse con el título del torneo de Interligas Nacional, convirtiéndose en pentacampeón y a su vez siendo una de las ligas más ganadoras de todas las ediciones de la competencia.

Dicha hazaña le otorgó a la liga reservarse el derecho de ascender a la Segunda División de la Asociación Paraguaya de Fútbol, denominada División Intermedia.

Al ascender en la categoría Intermedia se produce un cambio en la denominación y reestructuración de la Liga, deberá participar como Club y no como Selección por lo que fue refundado en el año 2016 sobre la base de los clubes de la Liga Guaireña de Fútbol, dando así nacimiento a Guaireña Fútbol Club.

Ya como club, ha ganado la Copa San Isidro de Curuguaty en el año 2016.
Militó durante 4 temporadas en la división Intermedia, logrando conseguir el Ascenso a la División de Honor del Fútbol Paraguayo en el año 2019 y finalizando en la 5a Posición de la tabla del Torneo Apertura.